El Niño är en kombinerat klimat och hydrologisk fenomen som återkommer i Stilla havet. El Niño uppträder ofta mellan fjärde och sjunde år.
Efter Teyla Emmagan och Major John Sheppard upptäckt en kraftig storm var på väg mot Lantea's fastland och Atlantis. Enligt Meredith Rodney McKay vart tjugo eller trettio år blir Lanteas hav ovanlig varmt som leder till kraftiga stormar och Radek Zelenka att det var som El Niño. (ATL: "The Storm")