E’ l’esperto archeologo del gruppo, responsabile di aver decifrato per primo il codice di attivazione dello Stargate. Ha studiato lingue, mitologia e culture antiche; la sua conoscenza e intelligenza sono elementi chiave nei contatti con le civiltà aliene e le colonie umane disseminate nella galassia.
E’ un po’ goffo e abbastanza solitario ma molto intelligente ed un membro insostituibile del programma Stargate.
Jackson ha un suo modo di vedere il mondo, cosa che in diverse occasioni lo fa sentire in disparte rispetto ai suoi compagni della SG-1. Amico intimo di Samantha Carter, l’unica che riesce a capirlo al volo e raramente gli si oppone; la sua amicizia con Teal'cè più che altro basata sul rispetto, lui è uno scienziato mentre l’altro un guerriero, tuttavia, spesso riescono a trovarsi d’accordo.
Il sua rapporto con O'Neill invece è profondo e decisamente complicato, Jack infatti, per quanto riguarda le questioni “galattiche”, non di rado prende posizioni completamente differenti da quelle di Daniel, il cui compito è quello di presentare le eventuali prospettive di una missione al team.
I due hanno avuto diverse scaramucce di carattere etico durante gli anni, ma nonostante ciò hanno continuato ad essere sempre degli amici leali.
Daniel è nato nel 1965, l’8 di luglio.
Quando aveva 8 anni fu testimone inerme della morte dei suoi genitori; Claire e Melburn Jackson mentre stavano allestendo una nuova esposizione al Manhattan Museum of Art furono schiacciati da una colonna di pietra che cadde accidentalmente.
Daniel allora fu dato in affidamento ad una coppia di genitori adottivi poiché suo nonno, Nocholas Ballard (anche lui un archeologo) non volle tenerlo con sé.
Jackson crebbe e divenne archeologo specializzato in culture antiche e mitologia; fece apprendistato con il Dr. David Jordan insieme all’amica Sarah Gardner (con la quale è stato legato sentimentalmente) e Steven Rayner.
Daniel è sempre stato convinto che le piramidi dell’antico Egitto non fossero altro che piattaforme di atterraggio di navi spaziali aliene, e per questo fu ridicolizzato dall’intera comunità accademica.
L’unica a credergli fu la dottoressa Catherine Langford che gli offrì una chance di provare la veridicità delle sue teorie.
Messo a lavoro nel profondo del Creek Mountain Complex, Jackson passò due settimane cercando di decifrare delle antiche pietre egizie sulle quali erano incisi misteriosi simboli, che alla fine scoprì essere delle costellazioni; subito infatti riuscì a decifrare il settimo simbolo di quelle costellazioni, simbolo in grado di attivare lo Stargate (per la prima volta da quando era stato scoperto).
Jackson prese parte insieme al Colonnello O'Neill alla prima spedizione che, attraverso lo Stargate, giunse su Abydos, dove aiutò gli abitanti del pianeta a sconfiggere Ra, un potente Goa'uld Signore del Sistema.
Una nativa Abydoniana, Sha're, gli fu presentata come un dono da suo padre Kasuf, leader della gente di Abydos. Fu davvero un regalo inaspettato, tanto che Daniel se ne innamorò e decise di rimanere con lei sul pianeta per studiare la sua gente e la sua cultura, e riaprire il portale per permettere ai sui compagni di tornare sulla Terra.
Un anno più tardi Jackson accolse il ritorno su Abydos di O'Neill e alcuni membri della sua squadra, compresa Samantha Carter.
Dopo essere rimasto sul pianeta, Daniel avava iniziato ad esplorarlo e aveva scoperto una stanza la quale altro non era che una grande mappa contenente tutte le coordinate per viaggiare attraverso lo Stargate su migliaia di mondi sparsi nella galassia.
Purtroppo Sha're fu presto catturata da Apophis e dalle sue guardie serpente, così come suo fratello Skaara. Il Goa'uld li portò entrambi sul pianeta Chulak.
Jackson si unì così alla SG-1 per cercare di salvare la sua amata; scoprì però che Sha're era diventata l’ospite per la Regina di Apophis, Amonet.
Daniel promise di ritornare a liberarla e decise di rimanere con la squadra del Colonnello O'Neill.
Qualche anno più tardi ritornò con Teal'c su Abydos solo per scoprire che Sha're era ritornata in se stessa: il Goa'uld dentro di lei era temporaneamente dormiente per consentire la nascita del figlio di Apophis e Amonet.
Jackson si riunì a Sha're e le confessò che, anche se era tormentato dal fatto che il figlio di Apophis stava crescendo nel ventre di sua moglie, la amava ancora profondamente.
Daniel portò alla luce il bambino con le sue stesse mani e lo affidò a Kasuf, sottraendolo di fatto ad Apophis e Amonet.
Un anno dopo ricevette un messaggio da Kasuf che lo informava del ritorno di Amonet la quale aveva catturato alcuni Abydoniani.
Il bambino fu nascosto sul leggendario pianeta Kheb.
Daniel affrontò Amonet ma cadde vittima dei suoi bracciali Goa'uld; attraverso questi dispositivi Amonet riuscì a comunicargli i suoi ultimi pensieri: gli disse dove era stato portato Shifu, il figlio di Apophis, e soprattutto gli chiese di perdonare Teal'c per averla uccisa.
Sha're era morta, ma Jackson adesso aveva una nuova missione: trovare il bambino.
Questa ricerca portò lui e la SG-1 su Kheb, dove si scoprì che il bambino era stato affidato alle cure del potente essere Oma Desala, al quale Jackson decise saggiamente di lasciare il bambino così da poterlo tenere al sicuro dai Goa'uld.
L’anno successivo, Shifu (che nel frattempo è cresciuto velocemente) fa visita a Daniel per apprendere notizie sulla madre. Come Oma Desala, anche Shifu è asceso ad un più alto piano di esistenza, fu un incontro profetico per Daniel.
Dopo essere stato esposto ad una dose letale radiazioni nel tentativo di salvare milioni di persone sul pianeta Kelowna, Daniel morente all’S.G.C. ha una visione di Oma Desala la quale gli offre la conoscenza per ascendere.
Jackson così decide di accettare l’offerta di Oma e ascende, unendosi a lei e lasciando i suoi compagni.
Come essere superiore Daniel è testimone di molti avvenimenti, ma a causa delle regole degli Antichi (gli esseri ascesi), è impossibilitato ad agire e alterare gli eventi in positivo.
Fa visita a O'Neill e lo aiuta a sopravvivere alle torture di Baal, così come aiuta Teal'c a sopravvivere ad un terribile massacro.
Quando realizza che Anubis è deciso ad annientare la popolazione di Abydos, Daniel chiede aiuto alla SG-1. Jack però cerca di convincerlo che l’unico modo per salvare quella gente è di contravvenire alle regole degli Antichi e intervenire.
Disobbedendo agli avvertimenti di Oma, Daniel sale a bordo della nave di Anubis e cerca di fermarlo con tutto il suo potere. Nonostante ciò, Abydos viene distrutto, Oma aiuta la sua gente ad ascendere, ma Daniel deve sottostare al giudizio degli Antichi.
Mesi dopo, Daniel viene ritrovato sul pianeta degli Antichi, Vis Uban senza alcuna memoria di quello che era successo.
Gli Antichi lo hanno fatto tornare alla sua forma umana e gli hanno cancellato la memoria in merito alla sua ascensione.
O’Neill e Carter lo convincono a tornare sulla Terra con loro e gradualmente inizia a recuperare i suoi ricordi perduti.
Una volta recuperati completamente si riunisce ai suoi vecchi compagni di avventura ritornando ad essere un membro dell’SG-1.