L'Empire Goa'uld se divise en plusieurs domaines dirigés par des seigneurs Goa'ulds ou par les plus puissants des Goa'ulds qui ont le rang de Grand maître. Les grands maîtres détenaient des milliers de mondes chacun, alors que les Goa'ulds les moins influents ne pouvaient diriger qu'un seul monde. Certains Goa'ulds n'étaient pas assez puissants pour exercer leur propre indépendance et servaient sous les ordres de Goa'ulds plus importants.
Les Seigneurs du Système se battent les uns contre les autres, mais ils s'alliaient contre les menaces qui les touchent tous comme par exemple les Asgards, les Tau'ris (Terriens), les Réplicateurs, les Tok'ras, ou encore la rébellion Jaffas. Certains Goa'ulds qui prendraient trop de pouvoir comme Sokar et Anubis sont également des menaces pour l'empire. Les Grands Maitres tiennent "de temps en temps" un conseil pour prendre divers décisions. Pendant de nombreuses années, Râ a été le Grand Maître Suprême et a était comme le dirigeant de l'empire Goa'uld, même si il ne contrôlait pas tous les territoires. La mort de Râ a bouleversé l'équilibre de l'Empire Goa'uld du fait qu'il contrôlait énormément de territoires qui n'étaient plus dirigés. Plus aucun Goa'uld n'a eu une telle emprise depuis plusieurs années après sa mort.
L'empire est encore plus déstabilisé, après la mort d'Heru'ur, Apophis et Cronos qui avaient récupéré les territoires de Râ. Jusqu'au retour d'Anubis qui a commencé à prendre le contrôle de plus en plus de territoire. Ce qui finalement n'allait rien arranger. Après sa défaite contre la Taur'i et la destruction de sont armée, Ba'al commença à étendre son contrôle sur l'empire Goa'uld. Il prit rapidement le contrôle des territoires d'Anubis où celui-ci créait ces guerrier Kull, ce qui lui donna un sérieux avantage sur les autres Goa'ulds. Après plusieurs jours de batailles, et alors que Ba'al était sur le point de contrôler l'intégralité de l'empire Goa'uld, les réplicateurs envahissaient dans la voie lactée. La plupart de Goa'ulds qui continuaient à résister furent tué par les réplicateurs et Ba'al commençait à perdre la guerre.
Les rebelles Jaffas, conduient par Bra'tac et Teal'c, prennent Dakara et découvrent à l'intérieur du temple une arme capable de détruire les réplicateurs. Après qu'Anubis soit Tué par Oma Desala, Ba'al étant alors secrètement sous les ordres d'Anubis, et les Jaffas qui se rebellaient contre Ba'al, il n'eut d'autres choix de fuirent avec la poignée de Jaffas qui lui étaient encore fidèles.
Ba'al représentait encore une menace en contrôlant les restes de l'Empire Goa'uld. Il se batta contre les Oris, et survécu longtemps grâce à ces nombreux clones issues de la technologie d'Anubis. Ba'al fini par être tué lui et tous ces clones dans Stargate Continuum en 1939 alors qu'il essayait de changer le future.
Après l'exécution de son dernier clone par les Tok'ras et pour le peu de Goa'ulds encore en vie, aucun n'a plus détenu de pouvoir.